محمد خاتمی نامه ای را منتشر كرد كه بيش از هر سخنرانی و نامه ديگروی صراحت نظر دارد. او در اين نامه كه به نوعی وصيت اصلاحی در جمهوری اسلامی می ماند و در پايان آن وعده ادامه آن داده شده، بيشترين نگرانی خود را از ريشه دار بودن فرهنگ استبدادی در جامعه ايران بيان كرد و اينكه امروز اين استبداد لباس دين نيز به تن كرده است. در تشريح فرهنگ استبدادی ريشه داردر ايران خاتمی نوشت:
" نياز جدی امروز ما، تأمل و بازانديشی همگانی در احوال خويش برای عبور از كليشه‌ها و قالب‌های استبدادزده‌ ناكارآمد و گشودن راه گفت و گوی همدلانه‌ انتقادی در همه‌ سطوح و لايه‌های اجتماعی است.
خاتمی در نامه خود نوشت: فرهنگ استبدادی با ما چنان كرد كه هر جباری نام خود را "ظل الله" گذاشت".
او درباره انقلاب 57 نوشت:
انقلاب با شعارسلطه " كلام بر سلاح، لبخند بر خشم و گل بر خشونت" پيروز شد. اما عده ای كه پس از انقلاب، انقلابی دو آتشه شده اند، چنان رفتار می كنند كه گوئی 25 سال پيش انقلاب شد تا حاكميت و آزادی مردم مهار شود!
خاتمی در همين ارتباط و با اشاره خشونت طلبی جناح راست و انقلابيون بعد از انقلاب كه خود را پاسدار ميراث آيت الله خمينی می دانند نوشت:
" امام را مطلق مي‌كنند، نه برای عظمت شخصيت او - كه به هر حال يك شخصيت انسانی است – بلكه، تا در غياب او اشتباهات يا موضع‌گيري‌های ناگزير و خلاف قاعده‌ای را كه به حكم ضرورت پيش آمده است را به صورت قاعده‌ای غيرقابل تغيير درآورند."
وی در بخش ديگری از نامه خود و بعنوان يكی از دستآوردهای اصلاحات، از پالايش دستگاه رسمی و قانونی اطلاعات و امنيت كشور ياد كرد و ضمن انتقاد از ادامه حيات غده سرطانی قتل های زنجيره ای در دستگاهی موازی نوشت:
" ... امروز نهانخانه‌ها و پستوهايی كه دور از هر چشم ناظري، خود را مجاز به انجام همه گونه اقدامات خلاف قانون و مغاير شرع مي‌دانستند و در محكمه‌ای كه داور و بازجو و مدعی و مجری يكی بود، به تشخيص مي‌نشستند، در بخش مهمی از دستگاه امنيتی كشور برچيده شده است."
درارتباط با اشتباهات گذشته و ضرورت مدارای ملی و نهادينه كردن آزادی ها در برابر فرهنگ نهادينه شده استبداد در ايران، خاتمی نوشت:
" اگر ما نظر امام را در آستانه‌ پيروزی انقلاب مي‌پذيرفتيم، كه اعلام كردند حتی احزاب و گروههای غيراسلامی تا وقتی به توطئه و اقدام عملی براندازانه عليه نظام دست نزده‌اند در فعاليت و بيان نظر خود آزادند، به جايی نمي‌رسيديم كه حتی مومنان به اسلام و راه امام، فقط به جرم اين‌كه روش و سليقه‌ گروهی را نمي‌پسندند، ولو حاضر به عمل در چارچوب قانون اساسی باشند نيز حذف و دفع شوند."
خاتمی در همين ارتباط و با اشاره به زندانی شدن هاشم آغاجری و صدور حكم ارتداد برای وی نوشت:
" انسانی دانشمند كه شايد سابقه‌ حضورش در انقلاب و جبهه، بيش از سابقه‌ تصدی فلان قاضی بي‌تجربه‌ای باشد كه گشاده دستانه حكم ارتداد صادر مي‌كند و مبارزی كه پا و سلامت خود را برای انقلاب داده و همواره از موضع دين خواستار اعتلای آزادی بوده است"
دربخش ديگری از نامه خاتمي، وی با قبول برخی اشتباهات خود چنين نوشت:
" وقتی سياستمدار آگاه و دلسوزی چون دكتر مصدق اشتباه مي‌كند، هنگامی كه عارف و فقيه و رهبری آگاه و شجاع چون امام خمينی (قده) بارها به صراحت از اشتباهات خود سخن مي‌گويد، اين بنده‌ خدا بسيار كوچك‌تر از آن است كه ادعا كند كه خطا و كوتاهی نداشته است"
درباره توطئه ها و زمينه سازی های تاريخی جهت مقابله با آزادی و پيشرفت ملت ايران خاتمی در نامه خود نوشت:
" ميراث خواران، همان ها كه زمينه كودتای 28 مرداد را فراهم ساختند، اين بار نه در دفاع از كاشانی بله در پوشش دفاع از ولايت فقيه به ميدان آمدند"
خاتمی خطاب به كسانی كه خواهان سرنگونی جمهوری اسلامی هستند نوشت:
" تصور اين‌كه با حذف جمهوری اسلامي، يك جمهوری مردمی غيروابسته پديد خواهد آمد، تصوری باطل است كه شواهد تاريخي، سياسی و اجتماعی بطلان آن فراوان است."
درباره مقابله كنندگان با اصلاحات در جمهوری اسلامی خاتمی نوشت:
" مخالفان معتقدند ديندار بمانيم و آزادی را رها كنيم و متاسفانه آنها بسياری از نهادهايی را كه مي‌بايد در فراز و ورای همه‌ جبهه‌بندي‌ها بمانند، به استخدام خود درآورند."
خاتمي، با اشاره به شعار جناح راست در انتخابات دوم خرداد( ذوب در ولايت) و شعار آبادگران كه مجلس هفتم را با شعار آزادی و شادی و آبادانی اشغال كرده اند، و همچنين در باره ادامه اصلاحات، دستآوردهای مقابله با فرهنگ استبدادی دركشور و آينده اصلاحات نوشت:
" از شعار ذوب در ولايت كه شعار محوری رقبای دوم خرداد در درون حكومت بود، تا شعار ايران آزاد، آباد و شاد و تاكيد بر دموكراسي، آزادی و حقوق بشر راه درازی طی شده است، اما هنوز در آغاز راه اصلاحات هستيم و نه در پايان آن. شعار من همچنان عبارتست از: آزادی در انديشه، منطق درگفتار و قانون در عمل"