محمد خاتمی درباره آیت الله طالقانی با خبرگزاری "ایلنا" گفتگوئی اختصاصی کرده و در آن گفت:

در اندیشه آیت الله طالقانی حق حاکمیت مردم به سرنوشت خویش و اینکه اسلام به گونه‌‏ای است که اگر حاکم شود، مردم دارای رشد فکری و برخوردار از مزایای زندگی می‌‏شوند،‌‏ نمود بارزی داشت. ایشان ایران را آباد،‌ آزاد و سربلند می‌‏خواست. عنایتی که حضرت امام(ره) نسبت به ایشان داشتند هم به عنوان اولین امام جمعه ای که منصوب کردند و نیز اطلاعیه‌‏ای که بعد از رحلت ایشان صادر کردند نشانه‌‏ای از توجه امام به شخصیت بی‌‏بدیل و بی‌‏نظیر آیت الله طالقانی بود.

متاسفم که سال‌‏هاست تفکر و روشی که هیچ نسبتی با تفکر امام و تفکر آیت الله طالقانی و جهت گیری‌‏های ایشان ندارد می‌‏خواهد خودش را به عنوان متصدی و متولی انقلاب و تنها سخنگوی ارزش‌‏های انقلاب معرفی کند.

در حالی‌‏که همه می‌‏دانند آن تفکر قبل ازانقلاب هم با امام درمعارضه بود و بعد از انقلاب هم مورد توجه امام نبود و امروز نیز برای میدان دار شدن تلاش می‌‏کند.(بخوانید حجتیه و موسسه افکار مصباح یزدی با نام گمراه کننده موسسه افکار خمینی)