با سرنگونی صدام حسين، جمهوری اسلامی ايران اين ارزيابی را داشت، که از طريق مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق، اين امکان را خواهد داشت تا درآن کشور نقش فعال ايفا کند. اين ارزيابی با استقلال عمل آيت الله حکيم، رهبر وقت مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق، با مانعی جدی روبرو شد.

اين مانع، سرانجام توسط نيروهای سپاه، که تحت رهبری آيت الله خامنه ای است، از ميان برداشته شد، و آيت الله حکيم که به گفته رهبر جمهوری اسلامی، نان و نمک خورده بود، اما حال، سياست ديگری در پيش گرفته بود، در يک ترور کشته شد.

درهمين حال، جمهوری اسلامی در مقتدی صدر، متحد بالقوه ای را يافت. متحدی که می توانست عراق را به خاکريز جمهوری اسلامی تبديل کند، و آمريکا را در آن کشور گرفتار نمايد. از همين رو، سيل سلاح، پول برای جيش المهدی مقتدی صدر سرازير شد. ضمن اينکه مشاورانی هم برای راهنمايی اين سيد جوان اعزام شد.

در آن زمان، هدف جمهوری اسلامی، ضمن مشغول داشتن آمريکا در عراق، تضعيف مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق به رهبری عبدالعزيز حکيم و مهمتر از آن، حذف سياسی و در صورت امکان، حذف فيزيکی آيت الله علی سيستانی نيز بود، که سياست هايش با خط مشی جمهوری اسلامی همخوانی نداشت.

درهمين ارتباط، هنگامی که جيش المهدی مقتدی صدر، قدرت نمايی در عراق را با درگيری در شهرک صدر، نجف و ... آغاز کرد، از سوی شورای امنيت ملی جمهوری اسلامی به رسانه ها دستور داده شد، که خط تبليغاتی حمايت از او را پيش ببرند، و در اين راستا، به يکی دو روزنامه که به انتقاد از مقتدی صدر پرداخته بودند، اخطار داده شد، که  از خط قرمز نظام عبور کرده اند، و اگر پادرميانی محمد خاتمی نبود، کار به تعطيلی آنها می کشيد.

درجريان اين درگيری ها، خانه آيت الله سيستانی به محاصره مردان مقتدی صدر در آمد، و اگر حمايت عشاير شيعه عراق و هشدار آنان به جيش المهدی نبود، اين مرجع تقليد شيعيان که مورد علاقه جمهوری اسلامی نبوده و نيست، به قتل می رسيد. در اين مورد، کار حتی به انتقاد مراجع تقليد عراق از سياست تهران کشيد.

مجموعه اين شرايط، و بويژه خطر انزوای مقتدی صدر و جمهوری اسلامی در ميان شيعيان عراق، تهران را وادار کرد تا کمی کوتاه بيايند. اما تا همين الآن نيز جمهوری اسلامی به عنوان پشتيبان مقتدی صدر عمل می کند. و پر بيراه نيست اگر اين سيد جوان در پناه سربازان گمنام امام زمان و برادران سپاهی ايرانی خود در ايران پناه گرفته باشد!