دکتر زهرا بنی يعقوب در بازداشتگاه پايگاه بسيج همدان کشته شد. نه تنها 700 نماينده پيشين مجلس خواهان رسيدگی به اين قتل شدند، بلکه برای نخستين بار شماری از فرماندهان سپاه نيز در اين ماجرا ورود به صحنه کردند و خواهان رسيدگی به ماجرا شدند. او نه تنها از خانواده ای مذهبی بود، بلکه پدرش از وابستگاه قديمی سپاه پاسداران است. همين وابستگی و بحث پيرامون اين قتل در ميان فرماندهان و اعضای سپاه پاسداران سرانجام موجب ارسال نامه ای به دفتر رهبر و فرمانده کل قوا جهت دادخواهی شد. اين نامه برای رسيدگی به رئيس کل بازرسی رهبر "ناطق نوری" که نقش ارتشبد فردوست رئيس بازرسی کل دربار شاهنشاهی را در بيت رهبری ايفاء می کند ارسال شد تا به آن رسيدگی شود. ناطق نوری چه کرد؟ چه نتيجه ای از تحقيق خود گرفت؟ گريبان کسی گرفته شد؟

پاسخ هيچيک از اين سئوالات معلوم نيست واحتمالا به بهانه خطر حمله و ضرورت فعاليت اتمی، اين نوع مسائل نبايد جدی گرفته شود!

زهرا بنی يعقوب هنگام ملاقات با نامزد خود در پارکی در همدان توسط نيروهای بسيج دستگير شد و ۴۸ ساعت بعد جسدش را تحويل خانواده‌اش دادند.

تمام شواهد – از جمله گواهی پزشکی قانونی- حکايت از تجاوز به او در بازداشتگاه و سپس کشته شدن زهرا دارد. پدر زهرا بنی يعقوب يکبار با اشاره به حرفه اصلی سرپرست پايگاه بسيج همدان که بازجوئی از زهرا را برعهده داشته و احتمالا عامل تجاوز نيز بوده کرده است. او قبلا "بنا" بوده است.

پايگاه بسيج همدان مدعی خود کشی زهرا بنی يعقوب به کمک روسری و يا لباس خود شده است. پدر زهرا بنی يعقوب اين ادعا را به تمسخر گرفته و گفته است: چگونه دختری با ۸۰ کيلو وزن و يک متر و 70 سانتيمتر قد می تواند با يک تکه چلوار خود را دار برند؟