مسئله قتل دکتر زهرا بنی يعقوب در بازداشتگاه پايگاه بسيج همدان، در جلسه شورای رهبری سازمان مجاهدين انقلاب مطرح و بررسی شد. سخنگوی اين سازمان "محسن آرمين" در باره اين جلسه و موضوع مورد بحث در آن گفت:

در اين جلسه، مرگ مشکوک دکتر زهرا. بنی يعقوب در بازداشتگاه بسيج يا ستاد امر به معروف و نهی از منکر شهرستان همدان مطرح شد. متأسفانه ترديدها، ابهام‌ها و سئوال‌های مطرح در باره اين حادثه تلخ و زشت همچنان برجاست و هنوز هيچ توضيح قانع کننده‌ای از سوی مسئولان مربوط، به جامعه داده نشده است. اطلاعات موجود در باره شخصيت و اعتقادات و موقعيت اجتماعی مرحومه دکتر زهرا و خانواده او، بيانگر بی‌پايگی تمامی اتهامات زشت نظير رابطه نامشروع و ...است که در روزهای اوليه پس از اين ماجرا از سوی برخی مسئولان همدان در باره وی مطرح شد.

براساس قرائن و شواهد موجود اگر تمامی ابهامات مربوط به اين حادثه را حمل بر صحت کنيم، در خوشبينانه‌ترين قضاوت ممکن، تنها می‌توان گفت که اين حادثه نتيجه بی‌تفاوتی و نقض آشکار و بدون ترس از هرگونه نظارت و بازخواست نسبت به حقوق شهروندی در برخی بازداشتگاه‌هاست که با کمال تأسف بتدريج به امری معمول و شايع تبديل می‌شود.  قتل يا مرگ چند تن در بازداشت و حبس طی يکی دو سال گذشته، تأييدی بر اين واقعيت تلخ است.

اگر در پيگيری پرونده قتل کسانی همچون مرحومان زهرا کاظمی و اكبر محمدی کوتاهی نمی‌شد و اگر هشدارها و انذارهای منتقدان اعمال خشونت‌ها و رفتارهای غير قانونی که در اجرای طرح تأمين امنيت اجتماعی رخ داد، جدی گرفته می‌شد، امروز شاهد اين فاجعه نبوديم. ما در همان زمان هشدار داديم که بی تفاوتی نسبت به نقض حقوق شهروندی برخی افراد به بهانه‌هايی نظير اين که جزو اوباش هستند و يا ملتزم به موازين دينی نيستند عواقب خطرناکی دارد و در صورت عدم برخورد با رفتارهای خودسرانه و غيرقانونی، اين گونه رفتارهای ناپسند به يک عرف تبديل شده و نتايج زيانباری به بار خواهد آورد.

دکتر زهرا. ب نه اوباش بود و نه بدحجاب و نه از خانواده‌ای غير ملتزم و نه روزنامه‌نگار و نه عامل بيگانه و جاسوس و نه دارای تابعيت دوگانه، بلکه دختری بود دارای اعتقادات دينی و از خانواده‌ای مذهبی با استعدادی بالا و چنان متعهد و دلسوز نسبت به جامعه و کشور خود که کمک به روستاييان و مردم مناطق محروم را به محيط راحت خانواده ترجيح می‌دهد. دستگيری غير قانونی و عدم رعايت حقوق ابتدائی قانونی او و بازداشت وی در يک بازداشتگاه غير رسمی و به مدتی بيش از زمانی که قانون مجاز دانسته است، همگی حکايت از آن دارد که عاملان دستگيری و بازداشت وی کمترين اعتنايی به حقوق شهروندی نداشته و مطمئن از فقدان هرگونه نظارت يا حساسيت مسئولان بالا دست، خود را در برابر مردم فعال مايشاء می‌دانند.

تأسف‌بارتر از اصل اين حادثه اينست که مانند موارد مشابه در گذشته، يک مأمور جزء و فرد مباشر در اين حادثه تلخ، به عنوان عامل اصلی و مجرم معرفی شود و مسئولان و تصميم‌گيرانی که در برابر حوادث مشابه گذشته دست روی دست گذشته و کمترين حساسيتی را از خود نشان ندادند و هشدارها و انذارهای منتقدان را با اهانت، توهين و برچسب و ناسزا پاسخ دادند، همچنان از هرگونه مسئوليت و پاسخگويی و اتهامی مبرا باشند.