احمدی  نژاد در اعتراض به تغییراتی که مجلس در لایحه بودجه 1388 بوجود آورد نامه ای اعتراضی برای علی لاریجانی رئیس مجلس فرستاد. او این نامه را بعنوان اخطار قانون اساسی به مجلس فرستاد. کانون مرکزی اعتراض احمدی نژاد در این نامه، حذف بند مربوط به نقدی شدن یارانه ها و افزایش قیمت سوخت است. در آن بخشی که مربوط به این اعتراض است. احمدی نژاد در نامه خود نوشت:

حذف هدفمند کردن یارانه‌ها بدون رعایت آیین‌نامه داخلی مجلس است در حالیکه هدفمندکردن یارانه‌ها از الزامات برنامه چهارم توسعه است. از طرفی بودجه سال 88، آخرین بودجه و آخرین برنامه یک‌ ساله از برنامه پنج‌ساله چهارم است و عدم پیش‌بینی هدفمندسازی یارانه‌ها در بودجه سال 88 به منزله اصلاح برنامه پنج‌ساله به وسیله بودجه است.

با حذف ردیف اعتبار مربوط به هدفمند کردن یارانه‌ها (85000 میلیارد ریال) دو اتفاق مهم در اجرای بودجه به وقوع پیوسته است.

اولاً: معادل این رقم یعنی 85000 میلیارد ریال اعتبار در نظر گرفته شده در بخش هزینه‌های بودجه عملاً بدون اعتبار شده که موجب منفی شدن تراز کلی بودجه گردیده است.

ثانیاً: با توجه به سیاستگذاری موضوع بند «53» الحاقی مصوبه مجلس در مورد حامل‌های انرژی از طرفی دولت مکلف شده حامل‌های انرژی را به قیمت سال 1387 (با استفاده از کارت هوشمند و سایر ساز و کارها) عرضه کند و از طرف دیگر هیچ گونه یارانه‌ای برای جبران مابه‌التفاوت قیمت تمام‌شده این حامل‌ها و قیمت سال 1387 برای شرکتهای تأمین‌کننده این حامل‌ها در نظر گرفته نشده است.

با حذف رقم بیست هزار میلیارد تومان درآمد ناشی از هدفمند کردن یارانه‌ها عملاًً دولت از این ناحیه با کسری هفده هزار و پانصد میلیارد تومان مواجه شده است که بخشی از آن ناشی از بی‌اعتبار شدن هشت هزار و پانصد میلیارد تومان هزینه در نظر گرفته شده در لایحه و بخش دیگر به دلیل در نظر نگرفتن اعتبار لازم برای تأمین و عرضه حامل‌های انرژی به قیمت سال جاری که در سال 1387 و سنوات قبل به عنوان یارانه حامل‌های انرژی در بودجه درج می‌شد (9 هزار میلیارد تومان).

در مصوبه مجلس برای عرضه نفت گاز دولت مکلف شده است تولید داخلی این فرآورده را با کارت هوشمند و به قیمت سال 1387 (165 ریال) عرضه نماید و مازاد بر آن که از محل واردات تأمین می‌شود مسکوت گذاشته شده است. این در حالی است که برای مابه‌التفاوت قیمت تمام‌شده تولید داخل و همچنین بخش وارداتی آن هیچ گونه اعتباری در نظر گرفته نشده است. بنابراین با توجه به اینکه قیمت سال 1387 نفت گاز حدود یک بیستم قیمت تمام شده آن است، عملاً عرضه این فرآورده با قیمت تعیین شده در مصوبه غیرممکن است.

در مورد برق بدون تعیین تکلیف قیمت، یارانه حذف و دولت در خلأ قانونی برای خدمت‌رسانی قرار گرفته است.

در سال 1387 یک و نیم میلیارد دلار برای نگهداری و سرمایه‌گذاری و اجرای پروژه‌های مربوط به گاز یارانه پرداخت شده که در مصوبه مجلس برای سال 1388 اعتباری برای این منظور پیش‌بینی نشده است .

از اعتبارات مربوط به سرمایه‌گذاری‌های بخش نفت در بودجه سال 1388 حدود هفتصد میلیون دلار کسر شده که نتیجه این اقدام نقصان در سرمایه‌گذاری در حوزه‌های مشترک و عدم استفاده از سهم قانونی ایران خواهد بود.

در مورد افزایش حقوق بازنشستگان و مستمری بگیران تأمین اجتماعی ـ که دولت نیز با اصل موضوع موافقت دارد ـ به جای پیش‌بینی اعتبار لازم، دولت مکلف شده است بیست و پنج هزار میلیارد ریال از سهام قابل عرضه در بورس متعلق به دولت را به سازمان تأمین اجتماعی واگذار نماید تا سازمان یادشده از محل فروش و سود حاصل از مالکیت این سهام بارمالی این افزایش را تأمین نماید.