علی اکبر ناطق نوری، رئیس مجلس پنجم و دبیرکل سابق جامعه روحانیت مبارز، که اکنون رئیس دفتر بازرسی رهبر نیز هست، یکسال پیش با حمله به گسترش خرافات مذهبی گفت:

محلی درست شده که نام آن را جمکران دوم گذاشته‌اند. ساخت بنای فوق‌الذکر به علت «خوابی» است که یک فرد دیده است.  من از آنها خواهش کردم این بساط را جمع کنند زیرا خواب حجت نیست و این کارها برای اعتقادات مردم ضرر دارد. مسجد جمکران دوم سه سال و اندی پیش ساخته شد.

تاکنون علاوه بر روزنامه جمهوری اسلامی و مدیرمسوول آن «مسیح مهاجری»، آیت‌الله «محمدرضا توسلی» رئیس دفتر امام خمینی که زمستان سال گذشته درگذشت نیز خاطره‌ای را به نقل از بنیانگذار جمهوری اسلامی درباره مسجد جمکران عنوان کرده بود . پس از سال 42 که امام برای تشکر از مردم قم به این شهر می‌رود، حاضر به قرائت نماز در این مسجد با نام امام زمان نمی‌شود. روزنامه جمهوری اسلامی هم در سرمقاله 22شهریور 85 خود با انتقاد از این پدیده نوشت: «وقتی ما مسجد جمکران را تا آنجا از نظر تقدس بالا می‌بریم که از مساجدی مانند مسجدالحرام و مسجدالنبی نیز بافضیلت‌تر جلوه می‌کند و اعلام می‌کنیم که حدود سه‌میلیون‌نفر در شب و روز نیمه‌شعبان به زیارت این مسجد آمده‌اند و با تبلیغات بی‌سابقه، خیل مردم تشنه معنویت را از نقاط مختلف کشور به جمکران می‌کشانیم و سخنان مداحانی را می‌شنویم که به مردم وعده می‌دهند در اینجا امام زمان را زیارت خواهند کرد و حاجت‌روا برخواهند گشت و البته می‌دانیم که نه زیارتی در کار است و نه اتفاق دیگری می‌افتد، انتظار داریم در درازمدت این مردم چقدر به این تبلیغات معتقد بمانند و پایه‌های فکری آنها دچار لرزش و پوکی نشود؟»

در شرایطی که امام خمینی در زمان حیات اجازه نداد که حتی یک ریال از وجوهات شرعیه و بودجه عمومی دولت صرف مجموعه جمکران شود، دولت نهم به ریاست «محمود احمدی‌نژاد» در یکی از اولین مصوباتش پس از روی کار آمدن دستور اختصاص 20میلیارد تومان تسهیلات برای اتمام طرح از «حرم تا جمکران» را صادر کرد. این به جز ارادت ویژه این دولت و بخصوص شخص رئیس آن به این مسجد نیست که به طرق مختلف ابراز شده است. تا جایی‌که در آغاز دولت اصولگرا، میثاق‌نامه امضاشده میان رئیس و اعضای کابینه به چاه جمکران انداخته شد. چندی پیش نیز «قاسم روانبخش» از روحانیون حامی احمدی‌نژاد و شاگرد آیت‌الله مصباح‌یزدی در واکنش به بحث ساخت جاده ظهور امام زمان از مسجد جمکران توسط شهرداری تهران در زمان احمدی‌نژاد گفته بود که «همه هستی به برکت امام زمان است، خب اگر کسی جاده جمکران را توسعه بدهد و آسفالت کند بد است؟»

ناطق‌نوری در شب نوزدهم ماه رمضان و در مراسم احیای شب قدر که در حرم امام خمینی برگزار شد، با اشاره به این شب‌ها از انحراف در زمینه‌ شناخت ابعاد زندگی و غیبت امام زمان(عج)، ناشناخته‌ماندن ائمه‌اطهار و مطرح‌شدن ادعاهای دروغ درباره حضرت مهدی(عج) در جامعه به شدت انتقاد کرد.

 او گفت: وقتی ما و جامعه ما از مسائل اطلاع نداشته باشند آن وقت مشتی شیاد می‌آیند و ادعاهایی می‌کنند که البته این مسئله هم تازگی ندارد. ناطق‌نوری با اشاره به نشانه‌های ظهور امام زمان(عج) با استناد به روایات تاکید کرد: هرکس بگوید من خبر دارم که آقا چه موقع ظهور می‌کند دروغ می‌گوید و هرکس ادعا ‌کند که ارتباطی دارد و می‌داند آقا همین روزها یا سال‌ها ظهور می‌کند مزخرف می‌گوید. اگر بنا باشد کسی به مرکزیت ولایت نزدیک باشد، چه کسی می‌تواند از امام نزدیک‌تر باشد؟ تمام زندگی امام را ببینید و بشنوید. امام از این مسائل و ادعاها نداشت و اصلا چنین مسائلی را قبول نداشت. آدم در این جامعه گاهی می‌خواهد از غصه گریه کند، یک انسان عوام که حتی بلد نیست قرآن را از رو بخواند چهره‌ای برای خود درست می‌کند و محاسنی می‌گذارد و شالی می‌اندازد و بعد هم ما زیبایی و نورانیتی در او می‌بینیم و چون خیلی زیباست می‌گوییم، خودش است .یک مشت کلاش و حقه‌باز این کارها را می‌کنند. حتی حضرت علی(ع) که این همه درباره او حرف می‌زنیم هم ناشناخته مانده است؛ یک عکس و تمثال از او درست می‌کنیم، یک شمشیر دوشاخه برای او می‌گذاریم و این برای ما علامت علی(ع) می‌شود. اینها از کجا آمده است؟ عالمان دینی باید جلو این افراط و تفریط‌ها را بگیرند. وقتی کارهای ما به اسم امام زمان(عج) تمام شود مردم می‌گویند لابد وقتی آقا هم بیاید همین‌طور مدیریت می‌کند.