صریح ترین اشاره هاشمی رفسنجانی به تقابل رو به رشد در ج. اسلامی
تقابل بزرگ حکومتی
میان روحانیت و فرماندهان
برخی افراد معتقد هستند که باید منهای روحانیت عمل کرد و در عمل به این اقدام دست می‌زنند. آن‌ها باید بدانند که دارند خیانت می‌کنند.
 نباید به دنبال زدن پایه‌های خود باشند؛ چرا که اگر تنه را بزنند چیزی از شاخ و برگ‌ها نمی‌ماند.

هاشمی رفسنجانی با حضور در کنگره ای که برای یکی قدیمی ترین روحانیون شیعه ایران، یعنی "محسن فیض کاشانی" در مسجد سپهسالار سابق و مطهری کنونی، در کسوت دفاع کامل از نقش روحانیت در ایران و اشاره به آنها که سرگرم توطئه به حاشیه راندن روحانیت ایران هستند گفت:

اگر روحانیت روزی به هر دلیلی دچار انزوا شود ما دچار مشکلات واقعی می‌شویم. روحانیت باید مسایل مملکت را جدی بگیرد. حوزه‌های علمیه نیرومند هستند و مهم‌ترین مکانی هستند که مردم به آن در کنار دانشگاه مراجعه می‌کنند. دانشگاه‌های ما هم امروز رو به پیش هستند و علمای حوزه و دانشگاه امروز باید محور و متکی قرار بگیرند.

برخی افراد معتقد هستند که باید منهای روحانیت عمل کرد و در عمل به این اقدام دست می‌زنند. آن‌ها باید بدانند که دارند خیانت می‌کنند. نباید به دنبال زدن پایه‌های خود باشند؛ چرا که اگر تنه را بزنند چیزی از شاخ و برگ‌ها نمی‌ماند. آن‌ها آن‌قدر ریشه ندارند که بتوانند افکار متنوع را به دور خود جمع کنند. ما وارث همان حوزه‌ای هستیم که کسانی مثل فیض کاشانی در این حوزه‌ها در همه رشته‌ها متخصص بوده‌اند. امروز هم حوزه‌ها باید همه‌ علوم، به‌ویژه علوم انسانی را داشته باشند و فتواها باید متکی به تخصص باشد تا با همین سرمایه، انقلاب را تحویل امام زمان‌مان بدهیم.

هاشمی رفسنجانی در ایرن سخنرانی که مروری بود بر گذشته روحانیت شیعه و وصل آن به امروز، با اشاره به محل برگزاری کنگره‌ فیض کاشانی، یعنی مسجد سپهسالار زمان شاه که اکنون نام آن مسجد مطهری شده گفت:

خوشبختانه مدرسه شهید مطهری عاقبت به خیر شد. در دوره‌ای که این مدرسه در اختیار رژیم شاه بود مشکلاتی داشت اما اکنون به مرکز تعلیم، تربیت و تحقیق تبدیل شده و شاگردان و فارغ‌التحصیلان خوبی به جامعه ارایه کرده است. ما در دوران شاه چند روزی با آقایان امامی کاشانی و مهدوی کنی در این‌جا بودیم. 10 نفر از قم برای یادگیری برخی از علوم انتخاب شده بودیم و این سیاست آیت‌الله بروجردی برای اعزام به خارج بود. این خاطره‌ای برای وصل گذشته به امروز است.

ساختمان مجلس شورای اسلامی و سپهسالار آثار خوبی است که به جا مانده است. من در زمان ریاست جمهوری فکری داشتم که در محاق مانده و آن این‌که میدان بهارستان تا سرچشمه ادامه پیدا کند. در سرچشمه هم مدرسه‌ الهیات را داریم که بزرگانی مثل مطهری، بهشتی و باهنر در آن‌جا تحصیل کرده‌اند و قتلگاه 72 تن است. آن‌جا مرکز حزب جمهوری بود که قدم بزرگی در تثبیت انقلاب و بیرون راندن عوامل فساد از کشور برداشت. امیدوارم این میدان ساخته شود و مرکز تاریخ‌سازی در متن تهران باشد.