بدنبال ممنوعیت ایجاد رشته زبان و ادبیات ترکی در دانشگاه تبریز، از سوی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری ایجاد رشته فوق در دانشگاه محقق اردبیلی نیز با مخالفت این وزارتخانه روبرو شد.

پیشتر اعلام شده بود در طرح 5 ساله توسعه رشته های تحصیلی، ایجاد رشته زبان و ادبیات اذربایجانی نیز در نظر گرفته شده است، ولی با شروع سال تحصیلی 88+87 معلوم شد که این رشته در بین رشته های تحصیلی دانشگاه محقق اردبیلی جایی ندارد.

وزارت علوم علاوه بر مخالفت صریح با ایجاد رشته زبان و ادبیات اذربایجانی در دانشگاه محق اردبیلی، با ایجاد رشته های مدیریت جهانگردی، علوم سیاسی، علوم ارتباطات و روز نامه نگاری, روابط بین الملل، مهندسی الکترونیک، مهندسی صنایع، اقتصاد، مدیریت، جامعه شناسی و... مخالفت کرده است. در مورد رشته های علوم سیاسی، علوم ارتباطات و روز نامه نگاری ، روابط بین الملل و تکنولوژی اطلاعات در هیچ یک از دانشگاههای منطقه اذربایجان این رشته ها ایجاد نشده اند.