دو معاون و 18 مدیرکل و کارمند وزارت اطلاعات برکنار و بازنشسته زود هنگام شدند. گفته می شود علت این پاکسازی گزارش ویژه ای بوده که از سوی وزارت اطلاعات در باره دروغ بودن طرح انقلاب مخملی تهیه و در دو نسخه به رئیس دولت و دفتر علی خامنه ای داده شده است.

برای تهیه‌ این گزارش تمام پرونده‌ ای که از سوی "اطلاعات موازی" و "اطلاعات سپاه" تهیه شده توسط تیم وزارت اطلاعات بازخوانی شده و حتی با شماری از بازداشت شدگان کودتا نیز گفتگوی مجدد شده است. این گفتگوها تماما در نفی بازجویی های گذشته بوده است.

در این گزارش قید شده که مجموعه اتفاقات پس از انتخابات نه تنها هیچ ارتباطی با خارج از کشور ندارد، بلکه هیچ تدارکی از قبل برای آن وجود نداشته و قابل پیش‌بینی هم نبوده است.

پس از تهیه و ارسال این گزارش، احمدی‌نژاد سراسیمه به وزارت اطلاعات رفته و بدون اینکه با وزیر و معاونانش جلسه بگذارد، در جلسه‌ای عمومی با کارکنان ستاد این وزارتخانه گفته است: من از سپاه (نقش آفرین کودتا و بازجوئی های انقلاب مخملی) کاملا راضی هستم. از وزارت اطلاعات راضی نیستم. توطئه‌ی دشمنان برای براندازی نرم باید افشا شود و انتظار دارم وزارت اطلاعات در این زمینه فعال‌تر باشد. برکناری معاونان و مدیران کل وزارت اطلاعات پس از این حضور از محسنی اژه ای خواسته شد، اما وی زیر بار نرفته و به همین دلیل احمدی نژاد وی را برکنار کرد.

این درحالی است که از قول محسنی اژه ای در جلسه دولت نقل شده که نیمی از کارکنان وزارت اطلاعات به میرحسین موسوی گرایش دارند و در انتخابات اخیر به وی رای داده اند.