استعفای "آقازاده" از سرپرستی سازمان انرژی اتمی، همه گونه تفسیر شد، مگر از این زاویه که او نیز چون میرحسین موسوی مخالف سمت گیری نظامی فعالیت اتمی در ایران بود. او بیش از هر مسئول و مدیر طرح اتمی ایران، باید آگاهی داشته باشد که علی خامنه ای و شماری از فرماندهان نظامی سپاه که احمدی نژاد را انداخته اند جلو و حتی به قیمت کودتا او را می خواهند در پست ریاست جمهوری نگهدارند، خیال دارند بزودی نظامی شدن فعالیت اتمی ایران را اعلام کنند. یعنی همان چیزی را که حسین شریعتمداری در سرمقاله های خود به گاه و بی گاه در دو سال گذشته مطرح کرده است. میرحسین موسوی در دو سخنرانی انتخاباتی خود نسبت به این سمت گیری هشدار داد و آن را خطری در حد فاجعه برای ایران ارزیابی کرد. یکی از این دو سخنرانی در خوزستان انجام شد که در آن موسوی با صراحت گفت: سمت گیری نظامی اتمی ایران باید تغییر جهت بدهد و اعتماد بین المللی جلب شود!

این از جمله دلائل گرهی کودتا علیه او بود. استعفای آقازاده می تواند چنین دلیلی داشته باشد.