میرحسین موسوی در دیدار خود با دانشجویان دانشگاه گرگان در پاسخ به سئوال یکی از دانشجویان که از وی درباره نهضت آزادی ایران سئوال کرده بود گفت:

قبل از انقلاب نیروهای بسیاری بودند که همه با هم یک هدف را دنبال می کردند. نهضت آزادی که در راس آن مهندس بازرگان قرار داشت در کنار سایر شخصیت های روحانی مانند شهید بهشتی و شهید مطهری در جریان انقلاب نقش داشتند. حضور دکتر یزدی در کنار امام راحل در فرانسه، یکی دیگر از این نمونه هاست. پس از انقلاب به دلیل هم سو نبودن نگاه دولت موقت با برخی دیدگاههای انقلاب، دولت موقت انحلال پیدا کرده و کم کم انتقاداتی نسبت به شیوه اجرایی آن آغاز شد که در دوران دفاع مقدس اوج گرفت.

من جز کسانی هستم که قبل از انقلاب با تمام اعضای نهضت آزادی دوست بودم و بعد از انقلاب هم که رئیس دفتر سیاسی حزب جمهوری اسلامی بودم همواره سعی کردم خط ومشی که امام می پسندید را تغیب کنم و دلیل حمایت ایشان از دولت جنگ هم همین بود. تا زمانی که اختلافات سیاسی وجود داشته باشد با اعضا نهضت آزادی کار سیاسی نمی کنیم، اما دلیل ندارد که به این افراد مومن و نماز خوان انگ کفر بزنیم و بنده چون به فکر آخرت خود هستم هرگز این گروهها را ملحد نمی دانم.

امام راحل همان زمان هم که برخی ها اعضای نهضت آزادی را به دلیل اختلاف با امام به ضدیت با دین متهم می کردند می گفتند «مگر من اصول دین هستم که اگر کسی مرا قبول ندارد ملحد باشد»، بنابراین نباید افراد را به دلیل اعتقادات سیاسی و اقلیت بودن به ضدیت با دین محکوم کنیم و دور آنها خط قرمز بکشیم که در این صورت چیزی از کشور باقی نمی ماند. بهتر است برای بیان مخالفت خود با دیدگاههای دیگر وارد بحث و گفتگو های نظری شویم تا فضای چند صدایی و چند گفتمانی در کشور ایجاد شود.