محمدرضاشاه قصد محکم و اراده راسخی برای از بین بردن و انحلال سازمان مدیریت و برنامه ریزی داشت، اما موفق نشد و با وجود اینکه سازمان برنامه و بودجه (نام سازمان مدیریت پیش از ادغام با سازمان امور استخدامی) در زمان پهلوی دوم به وجود آمده بود، ولی شاه هرگز دل خوشی از سازمان برنامه و بودجه نداشت، چرا که این سازمان براساس برنامه عمل می کرد و رفتار اقتصادی مبتنی بر برنامه را دائماً دنبال می کرد. سازمان برنامه معتقد بود که پول نفت باید فقط صرف سرمایه گذاری شود و اصلاً با همین هدف نیز این سازمان تاسیس شده بود.

 در سال 1337 یعنی پس از کودتای 28 مرداد و قدرت گیری دوباره پهلوی، به بهانه اینکه در این سازمان آمریکایی ها رسوخ کرده اند و کارشناسان این سازمان با آمریکایی ها رابطه دارند ابوالحسن ابتهاج رئیس وقت سازمان برنامه و بودجه را که رئیسی مقتدر بوده و از احدی دستور و خط نمی گرفت با پرونده سازی و افترا و تهمت برکنار کردند به طوری که بیشترین قرار قانونی برای آزادی یک زندانی در تاریخ کشور تا آن زمان یعنی یک میلیارد و 300 میلیون تومان برای مدیر منصوب سازمان برنامه صادر شد.

مورد دیگری که باز نشان داد محمدرضا پهلوی نمی تواند تحمل برنامه ریزی و شفافیت را داشته باشد در اسفند 1340 و در زمان ارائه برنامه سوم عمرانی رخ داد. زمانی که قرار بود برنامه سوم عمرانی برای وی تشریح شود، او دستور داد و تکلیف کرد که برنامه اصلاحات اراضی را به طور کامل از برنامه سوم حذف کنند در حالی روح و محور اصلی این برنامه همان برنامه اصلاحات اراضی بود. در اثر فشار شاه برنامه اصلاحات ارضی را از برنامه سوم عمرانی کنار گذاشتند اما چندی بعد او همین طرح را به نام خودش به نام «اصلاحات ارضی» مطرح کرد. پس از آن در مهرماه 1351 در تخت جمشید جلسه ای با حضور محمدرضا پهلوی تشکیل و برنامه پنجم عمرانی مطرح شد و به تصویب رسید اما بلافاصله پس از مدت کمی شاه به طور رسمی اعلام کرد قصد دارد در برنامه پنجم عمرانی تغییرات جدی بدهد تا این برنامه را به شیوه موجود اجرا نکند. در سال 1355 در یکی از جلسات شورای عالی اقتصاد محمدرضا پهلوی اعلام کرد قصد انحلال سازمان برنامه و بودجه و تبدیل آن به یک سازمان مطالعاتی را دارد که زیرنظر نخست وزیری فعالیت کند و حتی به طور رسمی اعلام کرد قصد دارد وظایف سازمان برنامه را به کمیسیون بازرسی شاهنشاهی واگذار کند و اگر چندی بعد وقایع زمینه ساز انقلاب اسلامی اتفاق نیفتاده بود و انقلاب سال 1357 رخ نمی داد قطعاً سازمان برنامه و بودجه منحل می شد. در تمام مدت حکومت پهلوی دوم به طور مداوم عنوان می کرد کارشناسان سازمان برنامه تحت نفوذ آمریکایی ها یا کمونیست ها هستند و برای هر اشتباهی شاه را مقصر می دانند و آن را به گردن شاه می اندازند. اما یگانه دلیل واقعی مخالفت شاه با این سازمان آن بود که شاه مخلوع حاضر نبود به انضباط مالی و مشخص شدن نحوه مصرف کردن درآمدهای کشور تن بدهد.