در میان همه ابراز تاسف های حضور و غیابی پیرامون جلوگیری اوباش از سخنرانی سید حسن خمینی در سالگرد در گذشت آیت الله خمینی، ابراز همدردی آیت الله سیستانی مرجع تقلید اعلم شیعه با سید حسن خمینی رویدادی مهم بود. شاید در حوزه رویدادهای سیاسی به آن چندان بهائی داده نشده باشد، اما معنای این همدردی را حوزه های علمیه قم و مشهد و اصفهان قطعا درک شده است. همانگونه که سکوت علی خامنه ای و امثال شیخ محمد یزدی رئیس حکومتی حوزه علمیه قم و دو امام جمعه موقت و توطئه گر- احمد جنتی و احمد خاتمی- را مردم درک کرده اند!

نه تنها مقام وموقعیت مذهبی آیت الله سیستانی، بلکه موقعیت سیاسی وی در نجف و نفوذ بی رقیبی که در مجلس و دولت عراق دارد، به ابراز همدردی وی با سید حسن خمینی وزن و اعتباری هم سیاسی و هم مذهبی داده است. بویژه که او ارشد ترین مرجع تقلید شیعیان است. این ابراز همدردی، هم تائید موقعیت مذهبی و سیاسی سید حسن خمینی است و هم اعلام آشکار جدائی از روحانیون حکومتی ایران. همان روحانیونی که یک پای کودتای 22 خرداد بودند و همچنان هستند.

بدین ترتیب، حوادث 14 خرداد در آرامگاه آیت الله خمینی، برخلاف همه نقشه ها و تصورات کودتاچی ها، نه باعث تضعیف، بلکه تقویت ناگهانی و فوق العاده موقعیت مذهبی و سیاسی حسن خمینی شد. بویژه که افکار عمومی بیدار و حساس نسبت به رویدادها و متنفر از اقدامات کودتاچیان، در عرض چند ساعت پشت سر وی قرار گرفت و اکنون وی در ردیف موسوی، خاتمی و کروبی سه چهره رهبری کننده جنبش سبز مورد حمایت مردم است.

درباره ابراز همدردی آیت الله سیستانی با سید حسن خمینی، سایت جماران اعلام داشت که حجت الاسلام شهرستانی، نماینده تام الاختیار آیت الله العظمی سیستانی در منزل سید حسن خمینی حضور یافته و در باره حوادث 14 خرداد اظهار تاسف کرد.