حجت الاسلام کدیور نماز عید فطر را با حضور نیروهای ملی- مذهبی در هنرستان کارآموز خواند. او با اشاره به اینکه اجازه نداده اند این نیروها در مسجد نماز عید را بخوانند گفت:

در حالی كه مساجد امروزه خلوت است و بنابر آمار رسمی در بيش از 70 درصد مساجد نماز صبح اقامه نمی شود و در برخی مساجد نمازهای دونوبت ديگر نيز منظم اقامه نمي‌شود، آنوقت جمعی ناچارند كه نماز عيد خود را در يك هنرستان و مراسم احيای خود را در دبيرستان برگزار كنند.( اشاره به خود و نیروهای ملی- مذهبی)
مساجد ما امروز به شعبه ای از شعب دفتر مقام رهبری بدل شده است، در حالی كه ما قبل از اين به عملای اهل سنت اين موضوع را طعن می زديم ولی متاسفانه امروز دامنگير خودمان شده است. روحانيون ما بسياريشان امروز به همان بليه‌ای دچار شده اند كه ديروز روحانيون اهل سنت بدان مبتلا بودند. مسائلی نظير مواجب بگير حكومت بودن و ...آنوقت مسلمانانی كه می خواهند نماز برگزار كنند اما مانند جريان رسمی نمي‌انديشند ناچارند در محلی غير از مساجد نماز بگذارند.
و دستيابی به يك مسجد هم برايشان ممكن نيست. در زمان قبل انقلاب كه اوج خفقان بود ما دينداران مساجد مستقل از حكومت داشتيم و اگر كسی می خواست مستقل از حكومت نفس دينی بكشد برايش ممكن بود اما امروز كدام مسجد را سراغ داريد كه تحت سيطره حكومت نباشد؟ آزادی دينی ما بيشتر شده و يا كمتر؟ آيا حق داريم بگوييم كه ما چون شما نمي‌انديشيم اما ايرانی و مسلمان هستيم و شيعه هستيم و يكی از حقوق دينی ما داشتن يك مسجد جدا از حكومت است؟ بالاخره جزو آزادی ها مصرح در اعلاميه حقوق بشر آزادی مذهب است و بخشی از آزادی مذهب نيز آزادی معبد است يعنی ما بتوانيم فارغ از سيطره دفتر مقام رهبری مسجد و امام جماعت داشته باشيم. مگر نماز گذاردن اخلال در نظم عمومی كشور است؟

كديور در ارتباط با حرف ها و نمایش هائی که در حمایت از جنبش ملی فلسطین درایران برپا می شود گفت:
تروريسم دشمن انسانيت و صلح است، اما بايد ديد تروريسم را چه كساني در دنياي امروز به راه انداخته‌اند. ما علاوه بر محكوم كردن تروريسم، در رأس آن بايد تروريسم دولتي يعني اسرائيل را محكوم كنيم و بعد نوبت به تروريست‌هاي خرده‌پا برسد كه معلوم نيست از ايادي خودشان هستند يا مستقل عمل مي‌كنند. از طرف دیگر، با شعارها و حرف‌هاي راديكال هم نمي‌توان از حقوق ملت فلسطين دفاع كرد. اين موضوع نيازمند تدبير ديپلماتيك و كار فرهنگی است. اگر مطبوعات آزاد بودند و امكان نقد مواضع راديكال وجود داشت و از مردم فلسطين نيز نظرخواهي مي‌شد، مشخص مي‌شد كه اين مواضع به نفع يا به ضرر مردم مظلوم فلسطين است. ما اگر سخني مي‌گوييم بايد با خواست ملت فلسطين و سازمان‌هاي فلسطيني همسو باشد. آزادي بيان نیز انتشار آزادانه‌ روزنامه‌هاي مستقل، امنيت و آزادي منتقدان و تحقق فصل سوم قانون اساسي است، كه ناظر به حقوق ملت است