سران سه قوه، همراه با هاشمی رفسنجانی رئيس مجمع تشخيص مصلحت و آيت الله جنتی دبيرشورای نگهبان قانون اساسی يك جلسه اضطراری با حضور رهبر تشكيل دادند. اين ديدار پس از انتقادات شديد نسبت به عملكرد مجمع تشخيص مصلحت در تصويب غير قانونی افزايش بودجه  برای شورای نگهبان تشكيل شد. آن جلسه مجمع مصلحت كه چنين مصوبه ای را به توصيه هاشمی رفسنجانی به رای گيری گذاشت، با خروج اعتراض آميز محمد خاتمی، مهدی كروبی و مجيد انصاری رئيس كميسيون بودجه مجلس به آشكارترين بحران در راس حاكميت تبديل شد. اكنون علاوه بر بررسی نقش و موقعيت مجمع تشخيص مصلحت و خيزهائی كه هاشمی رفسنجانی برداشته، ادامه حضور وزرای وابسته به كارگزاران سازندگی در كابينه محمد خاتمی نيز زير علامت سئوال است. اين وزرا كه عمدتا كارگزاران بانك جهانی و صندوق بين المللی پول و مجری برنامه تعديل اقتصادی اند، با حكم رهبر در مجمع تشخيص مصلحت نيز عضويت دارند!   بسياری از ناظران سياسی بر اين عقيده اند كه نتيجه انتخابات شوراها؛ رهبران جناح راست در مجمع مصلحت، شورای نگهبان و قوه قضائيه را تشويق به تشديد موضع گيری های حذفی و مقابله با دولت خاتمی كرده است.