مراسم خاكسپاری آيت الله خلخالی نخستين حاكم شرع و رئيس دادگاه انقلاب انجام شد و آيت‌الله يوسف صانعی بر وی نماز خواند. حجت الاسلام موسوی لاری وزير كشور، نمايندگانی از بيت رهبری، حجت‌الاسلام شريعتی نماينده‌ رياست جمهوری، نماينده آيت الله منتظری، استاندار قم و نمايندگان مردم قم در مجلس شورای اسلامی، همچنين آيت‌الله توسلی رئيس دفتر آيت الله خمينی، حجت‌الاسلام محلاتی نماينده آيت الله خمينی در نيروهای مسلح، غلامحسين كرباسچی شهردار اسبق تهران، حجت‌الاسلام منتجب‌نيا عضو رهبری مجمع روحانيون مبارز، جمعی از اهالی خلخال و مردم قم دراين مراسم حضور داشتند. آيت الله خلخالی عمدتا بدليل صدور حكم اعدام سران نظام گذشته ايران با انتقادات وسيع جهانی روبرو شد كه در راس اين احكام، حكم اعدام رئيس ساواك شاهنشاهی، فرماندارتهران در سال انقلاب، روسای شهربانی و برخی فرماندهان نظامی قرار داشت. صدور و اجرای حكم اعدام امير عباس هويدا نخست وزير 14 ساله شاه را شايد بتوان آخرين حكم جنجال برانگيز آيت الله خلخالی دانست. در اين دوران آيت الله محمدی گيلانی در زندان قصر نقش معاونت آيت الله خلخالی را داشت كه پس از وی جانشين او شد. بعدها آيت الله محمدی گيلانی كه اكنون رئيس ديوان عالی كشور است، حكام وسيع اعدام اعضای سازمان مجاهدين را صادر و يا تائيد كرد و در كشتارهای آغاز دهه 60 برای دو فرزند خويش نيز به جرم همكاری با سازمان مجاهدين حكم اعدام صادر و اجرا كرد. پس از صدور اين احكام او دچار افسردگی روحی شد و به همين دليل نيز اكنون ديوان عالی كشور را اسما او و در عمل حجت الاسلام نيری اداره می كند. يعنی يك از سه حاكم شرع قتل عام زندانيان سياسی در سال 1367.

درحاليكه بزرگترين اشتباهات قضائی را آيت الله خلخالی در آغاز جنگ كردستان مرتكب شد و جمع زيادی به حكم او در كردستان اعدام شدند، پيوسته آن احكام اوليه آيت الله خلخالی برجسته شود. آيت الله خلخالی در سالهای پس از درگذشت آيت الله خمينی از جمله منتقدان رهبری كشور و تصفيه كاربدستان دوران آيت الله خمينی بود و به همين دليل نيز او را از جمله روحانيون منتقد و طرفدار اصلاحات می شناختند. او زير شديد ترين فشارهای حكومتی و مذهبی نيز حاضر نشد عليه آيت الله منتظری موضع گيری كند.