مراسم خاكسپاری زهرا كاظمی در فضائی امنيتی در گورستان شيراز برگزار شد و نه تنها اعضای خانواده مقتول، بلكه هيچ يك از مسئولين گورستان نيز دقيقا نمی دانند در كيسه ای كه به خاك سپرده شده چه بوده است.

ضمنا اطراف قبر را سيمان ريزی كرده اند تا نبش قبر ممكن نشود. درابتدا تصور می شد دليل خاكسپاری امنيتی زهرا كاظمی بيم از شكافتن قبر و دسترسی به جنازه و احتمالا بردن آن باشد، اما با توجه به اينكه چنين عملی در گورستان تقريبا نا ممكن است، اين بتون ريزی و سنگی كه روی آن گذاشته اند، خبر خالی بودن قبر و يا دفن كس ديگری در آن را بيشتر تائيد می كند تا احتمال ربودن جنازه، زيرا در صورت خاكسپاری معمولی، با اندك تلاشی می شد قبر را شكافت و درون آن را ديد كه جنازه ای در آن وجود دارد يا نه و يا اگر جنازه ای در آن دفن شده متعلق به زهرا كاظمی است و يا شخصی ديگر.

حتی همين تدابير نيز نشان می دهد نگرانی كسانی كه در ماجرای قتل دست داشته اند و كسانی كه فرمان خاكسپاری كاظمی در ايران را صادر كرده اند، بيش از آنكه ناشی از نگرانی نسبت به كشف شكسته بودن جمجمه زهرا كاظمی باشد، از كشف راز تجاوز جنسی توام با شكنجه نسبت به زهرا كاظمی بوده است. حتی در صورت كالبد شكافی و معاينه پزشكان خارجی نيز، تشخيص مرگ جز آن نمی توانست باشد كه در گزارش تحقيق آمده است، بنابراين همه هراس از كشف مورد ديگری بوده كه اين مورد چيزی نيست جز تجاوز جنسی به زهرا كاظمی در سلول انفرادی وی در بازداشتگاه نيروی انتظامی، در پايان ضرب و شتم وی برای گرفتن اعتراف جاسوسی از وی.

در گزارش تحقيق رياست جمهوری بدقت ذكر شده است:

" ... ساعت ‌١٨:45 مسئول قرارگاه ‌١١٠ برای صحبت با خانم كاظمی وارد بند نسوان مي‌شود. ساعت ‌٢٢ بازجويان برای بازجويی متهم وارد بند نسوان شده و پس از ‌١٠ دقيقه از آن خارج مي‌شوند. ‌ساعت ‌١٦:30 مورخ ‌٤/٤/٨٢( يك روز پس از بازجوئی در بند نسوان) متهم به همراه راهنمايانش جهت تحويل به زندان اوين از قرارگاه خارج مي‌شود. مشاراليها هنگامی كه در اوين صدای بازجو را كه به استقبال او آمده بود مي‌شنود، شروع به فرياد زدن و فحاشی عليه او مي‌كند. زمان ضرب‌ديدگی در محدوده‌ پنجم تيرماه ‌٨٢ و حداكثر12  تا ‌٢٤ ساعت قبل از آن برآورده شده است..."

اين بخش از گزارش هيات تحقيق رياست جمهوری كه در بالا عينا نقل شده، بوضوح همه آنچه را در بند زنان زندان و در سلول انفرادی زهرا كاظمی گذشته نشان می دهد. بموجب همين گزارش، روز بعد كه دكتر زهرا كاظمی را به اوين بر می گردانند، او با شنيدن صدای بازجوئی كه ظاهرا شب قبل چهره او را نديده ( زهرا كاظمی در آن ساعات قطعا چشم بند داشته است) دچار شوك و تشنج عصبی شده و پرخاش و افشاگری را آغاز می كند، كه درگزارش هيات تحقيق از آن با عنوان "فحاشی و فرياد زدن" ياد می شود.

در آنشب دو بازجو ساعت 10 شب  وارد سلول زهرا كاظمی شده اند كه نام های مستعار آنها "بخشی” و "نخعی” ذكر شده است. آنها مستقيما با قاضی مرتضوی كار می كنند و در بسياری از بازجوئی ها قاضی مرتضوی نيز حضور دارد.

هنوز معلوم نيست دو ماموری كه دادستانی تهران مدعی است برای تحقيق بازداشت كرده، همين دو نفرند يا كسان ديگری. در گزارش ديگری نيز كه در همين زمينه در اختيار پيك قرار گرفته و تحت عنوان گزارش اتاق بازجوئی در اين شماره منتشر شده، از نظر تعداد افرادی كه وارد سلول و از آن خارج شده اند، تقريبا هم خوانی دارد با گزارش تحقيق رياست جمهوری. يعنی پس از بازجوئی و تحقيق مسئول قرارگاه 110، دو بازجو وارد اتاق می شوند و پس از 10 دقيقه از آن خارج می شوند، كه ظاهرا همان زمان تجاوز و شكستگی جمجمه زهرا كاظمی در حين مقاومت بوده است.