در پی انتشار نامة محمدرضا خاتمی به رييس جمهور،محمد بسته‌نگار در گفت‌وگو با ايسنا، با اشاره به اطلاعية وزارت اطلاعات پس از دستگيری و بازداشت فعالان ملی - مذهبی مبنی بر اينكه اين افراد برانداز نيستند، اين مسأله را بيانگر آن دانست كه بازداشت‌كنندگان از سوی دستگاهی غير از وزارت اطلاعات اقدام كرده‌اند.
وی با بيان مطلب فوق‌ ادعا كرد:« تشكيل دستگاهی موازی با وزارت اطلاعات تازگی ندارد و تقريبا پس از جريان قتلهای زنجيره‌ای اين دستگاه موازی تشكيل شد.»
بسته‌نگار با بيان ادعا كه ليست شصت،هفتاد نفره‌ای در زمان بازجويی به وی ارائه شده و اطلاعاتی در خصوص آن افراد از وی خواسته شده است،گفت:« در آن ليست من فقط 4 - 3 نفر را از طريق روزنامه‌ها (به واسطة مصاحبه‌ها و مقالاتشان) مي‌شناختم و با بقيه نيز آشنايی نزديكی نداشتم.»