دراين روزها، بحث پيرامون دليل و انگيزه جلوگيری از خروج عمادالدين باقی از كشور رو به گسترش است. او قرار بود در يكی از مجامع مربوط به حقوق و آزادی‌های بشری درخارج از كشور شركت كند كه اجازه سفر نگرفت، درحاليكه دوران محكوميت زندان خود را گذرانده است. محكوميتی كه درارتباط با افشاگری‌های تكاندهنده مربوط به دو قتل بود. قتل احمد خمينی و قتل خانم مجتهده "برقعی”

عمادالدين باقی، ابتدا از ماجرای اعترافات سعيد امامی در زندان پيرامون قتل احمد خمينی مطلع شده بود و سپس رد اين اعترافات را گرفت و به خانم برقعی در قم رسيد. زنی مجتهده كه تدريس می‌كرد و آيت الله جوادی آملی مقام او را در حد اجتهاد تائيد كرده بود. او دوست خانوادگی آيت الله خمينی و بويژه همسراحمد خمينی بود. برقعی اطلاعات دقيق و مستندی درباره قتل احمد خمينی داشت و اين را به خانواده آيت الله خمينی نيز منتقل كرده بود. برادر شوهر او از معاونان وزارت اطلاعات وامنيت فلاحيان بود كه در قتل‌های زنجيره‌ای نيز دست داشت و باحتمال زياد سر نخ قتل احمد خمينی از اين طريق بدست او رسيده بود.

خانم برقعی را يك نيمروز در خانه اش به قتل رساندند و رويش اسيد و پودری مخصوص ريختند تا بدنش خورده شود و نحوه قتل او مشخص نشود. فرزند او از مدرسه می‌آيد و با ديدن مادر خود در اتاق همجوار آشپزخانه همسايه‌ها و پدربزرگش را خبر می‌كند. جسد قبل از آنكه در با اسيد و پودر مخصوص خورده شود به پزشكی قانونی منتقل می‌شود و در آنجا علت قتل ضربه مخصوص به گردن و خفكی با ريسما اما بصورت ضربه‌ای تشخيص داده می‌شود. يعنی همان شيوه‌ای كه با استفاده از آن پوينده و مختاری خفه شدند.

عمادالدين باقی اين پرونده را پيگيری كرد و به اين نتيجه قطعی رسيد كه قتل احمد خمينی تنها به اعتراف سعيد امامی و احمد خوش كوش خلاصه نمی شود، بلكه مدارك و اطلاعات دقيق تری نيز در اين زمينه وجود دارد. پدر خانم برقعی نيز كه صاحب نفوذ در ميان مذهبيون قم است، به باقی گفت كه هر بار خواسته ام پرونده قتل دخترم را پيگيری كنم، تا عالی ترين مقامات امنيتی و قضائی پيش رفته ام و سرانجام آنها توصيه كرده اند ادامه ندهم كه نه به نفع نظام است و نه به نفع زندگی خودم!

با اين اطلاعات عمادالدين باقی كه كار مطبوعات- تحقيقاتی خود را در جمهوری اسلامی با تحقيق روی مافيای حجتيه در ايران آغاز كرده و كتاب "قاعدين" را در زمان آيت الله خمينی انتشار داده بود راهی زندان شد تا كنار اكبرگنجی بنشيند.

 در دادگاه غير علنی باقی گفته شد:

از جمله اتهامات باقی افشای اظهارات حجت الاسلام نيازی رئيس دادسرای نظامی به حسن خمينی بود كه باعث زندانی شدن وی شد. در جلد 16 پرونده بازجويی‌های قاتلين قتل‌های زنجيره‌ای صفحه 384 سعيد امامی در پاسخ بازجو می‌گويد:... مثلا ما با خبر شديم كه حاج احمد آقا در جلسات خصوصی به مسئولان نظام و حتی به ولايت امر اهانت می‌كند، آن را ارجاع داديم و بلافاصله دستور آمد كه همه ی رفت و آمدهای ايشان را در زيرنظر بگيريد و از مكالمات و ملاقات‌های ايشان نوار تهيه كنيد. ما هم به مدت يك سال همين كار را كرديم. متاسفانه حاج احمد آقا به راه يك طرفه بدی وارد شده بود كه برگشت نداشت. وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را آقای فلاحيان به من ابلاغ كرد مضطرب شدم و حتی به ترديد فرو رفتم. دو روز بعد همراه با آقای فلاحيان به ديدار آيت الله مصباح رفتيم. آقايان محسنی اژه‌ای و بادامچيان هم آن جا بودند البته بعدا حاج آقا خوشبخت هم از بيت (رهبر) آمدند آن جا، و نظر جمله بر اين بود كه نبايد به كسانی كه با ولی امر مسلمين خصومت می‌كند رحم كرد...»