مراجع و روحانيون شيعه مستقر در كربلا حساب خود را از مقتدا صدر جدا اعلام كردند. آنها نگرانند كه مقتدا صدر ماجراجوئی های نظامی را به اين شهر كشانده و كربلا را نيز با نجف هم سرنوشت سازد. بسياری از روحانيون كربلا نيز از جمله مهاجرين عراقی مقيم ايران در سالهای حكومت صدام حسين اند. اختلافات و دلخوری های چند ده ساله ميان روحانيون عراقی و ايرانی كه در در 25 سال جمهوری اسلامی و اختلافات درونی مجلس اعلای انقلاب اسلامی ريشه دار نيز شده است، اكنون می رود تا به معضل جديدی برای ايران تبديل شود، زيرا اين روحانيون ديگر اكنون در زادگاه خويش مستقر شده و نه تنها حسابشان را از ايران جدا كرده اند، بلكه اگر لازم و ضروری باشد در برابر روحانيون شيعه ايرانی جبهه خواهند گرفت و زمينه ساز جنگ شيعه با شيعه در منطقه خواهند شد.

از ميان معاودان عراقی و روحانيون مهاجر عراقی در ايران، جمعی جذب دستگاه حكومتی جمهوری اسلامی شده اند كه بويژه در قوه قضائيه و برخی نهادهای نيمه نظامی فعاليت می كنند. روحانيون نظير آيت الله شاهرودی نيز پيش از آنكه ايرانی باشد، نيمه عراقي- نيمه ايرانی به حساب می آيد و براثر آشنائی هائی كه طی دوران طولانی با روحانيون نجف و كربلا داشته، عده ای از آنها را در ارگانها و سازمان های تحت نفوذ و مديريت خود به كار گرفته است. او بنيانگذار مجلس اعلای انقلاب اسلامی عراق و سالها سخنگوی آن بود. از جمع معاودان غير روحانی عراقی، شايد محمدرضا نقدی، رئيس ضد اطلاعات (ناجا) نيروی انتظامی شناخته شده ترين نام باشد. فرماندهی كه مبتكر دستگيری و شكنجه شهرداران نواحی تهران پس از انتخابات 1376 و آغازگر مقابله نظامی – امنيتی با اصلاحات بود. او اكنون نيز با آنكه از فرماندهی ضد اطلاعات نيروی نظامی كنار گذاشته شد، با همان درجه و موقعيت در بخش آموزش نيروی انتظامی فعال است.

بسياری از دست اندركاران امور امنيت ملی در جمهوری اسلامی از بيان اين نكته پروا ندارند كه جمهوری اسلامی در دل مهم ترين نهادهای نظامی و امنيتی خود ستون پنجمی را پرورش داده كه افشای امنيتی ترين پروژه های نظامی و حتی هسته ای جمهوری اسلامی نيز به همين امر باز می

روزنامه های ايران می نويسند كه اكنون روحانيون پرقدرت در كربلا برادران مدرسی و بويژه آيت‌الله سيد محمد تقی مدرسی رهبر سازمان «منظمه عمل‌اسلامي» است.

آنها، دلخون از تنگناهای ناشی از دخالت های روحانيون حكومتی جمهوری اسلامی در امور مذهبی شان همگی پس از سقوط صدام از قم به كربلا بازگشتند و به مراجع كربلا تبديل شدند. اين گروه از روحانيون خواهر زاده‌های آيت‌الله سيد محمد شيرازی اند كه خود مرجع تقليد بود و پس از مهاجرت از نجف به قم در گذشت. آيت الله شيرازی نيز از جمله روحانيون عراقی مقيم ايران بود كه در جمهوری اسلامی تحت كنترل و تنگنای امنيتی بود و به همين دليل طرفداران و اقوام او سينه ای پر كينه در اين زمينه دارند!