ديده بان حقوق بشر با انتشار گزارش مفصلی پيرامون نقض حقوق بشر درايران، پرونده جنايات وزرای كشور و اطلاعات دولت احمدی نژاد را بيرون كشيد و آنها را به جنايت عليه بشريت متهم كرد.

ديده بان حقوق بشر ضمن اشاره به اعدام 4481 زندانی عقيدتی در تابستان 67 ) بموجب آنچه تاكنون ثبت شده و ادامه دارد) مصطفی پورمحمدی را به عنوان يكی از اعضای هيات سه نفره صدور احكام اعدام در زندان اوين معرفی كرده است.

اين درحالی است كه همچنين پورمحمدی متهم است به نقش داشتن در قتل احمدی خمينی فرزند آيت الله خمينی. درهمين ارتباط همسر برادر وی بنام "خانم برقعی» كه از معلمين دينی در قم و به لفظ آيت الله جوادی آملی در حد اجتهاد بوده است، درجريان قتل‌های زنجيره‌ای بطرز فيجی در خانه اش در قم كشته شد. او بدليل رفت و آمد با خانواده آيت الله خمينی و دوستی و نزديكی با همسر احمد خمينی، درجريان جزئيات قتل احمد خمينی قرار داشته و بخش‌هائی از اين جزئيات را نزد برخی مراجع افشاء كرده بود. اين اطلاعات و بيم از فاش شدن همه آن، دليل تصميم قطعی برای قتل وی بود. تحقيق درباره اين قتل را عمادالدين باقی انجام داد و در روزنامه صبح  امروز بخش‌هائی از آن را منتشر كرد. درهمان گزارش، پدر خانم برقعی كه از مذهبيون شناخته شده قم است و با بسيار از مراجع و روحانيون حكومتی رفت و آمد دارد، چندين بار اعتراف كرد كه هر بار رسيدگی به پرونده قتل دخترش به نقاط حساس رسيده، به او تذكر داده اند كه ماجرا را پيگيری نكنيد.

پورمحمدی در آن زمان معاون فلاحيان در امور اطلاعات خارج از كشور بود و ساعاتی پس از قتل اعلام كرد كه از عراق بازگشته است. او بلافاصله خود را به قم رساند و پرونده و مسائل امنيتی اين قتل را دراختيار گرفت و آن را بست. به اين ترتيب، پورمحمدی از جمله معدود افرادی است كه درجريان دقيق قتل احمد خمينی نيز قرار دارد و احتمالا در آن نقش محوری نيز برعهده داشته است. همچنين از پورمحمدی بعنوان مسئول اطلاعات موازی در زمان محمد خاتمی نام برده می‌شود.

ديده بان حقوق بشر در بخش ديگری از اطلاعيه خود به نقش محسنی اژه‌ای وزير اطلاعات جديد جمهوری اسلامی اشاره می‌كند و اينكه وی حداقل در يك مورد – پيروز دوانی- در دوران قتل‌های زنجيره‌ای در ابتدای روی كار آمدن محمد خاتمی فتوای قتل صادر كرده است. ديده بان حقوق بشر روی نقش مهم اژه در بستن مطبوعات اصلاح طلب و نيمه مستقل نيز تاكيد می‌كند.

آيت الله منتظری، قائم مقام وقت آيت الله خمينی، در باره فتوای قتل زندانيان سياسی و تيم مجری و رهبری كننده اين قتل عام، در خاطرات خود می‌نويسد:

"اول محرم شد، من آقای نيری كه قاضی شرع اوين و آقای اشراقی كه دادستان بود و آقای رئيسی معاون دادستان و آقای پورمحمدی كه نماينده وزارت اطلاعات بود را خواستم و گفتم الآن محرم است. حداقل در محرم از اعدام‌ها دست نگه داريد. آقای نيری گفت ما تا الآن هفتصدوپنجاه نفر را در تهران اعدام كرده ايم، دويست نفر را هم به عنوان سر موضع از بقيه جدا كرده ايم كلك اينها را هم بكنيم ... ".

ديده بان حقوق بشر پس از استناد به اين بخش از خاطرات آيت الله منتظری، به بخش ديگری نيز اشاره می‌كند كه مستقيما مربوط به نقش پورمحمدی است. او می‌نويسد:

«در آن زمان يادداشتی خطاب به آقای پورمحمدی و ديگر اعضای هيئت سه نفره نوشته و در آن علاوه بر اينكه اعدام زندانيان سياسی را "قتل عام بدون محاكمه" دانستم، هشدار دادم كه با چنين اقدامی، دنيا ايران را محكوم می‌كند.»

مصطفی پورمحمدی در زمان دری نجف آبادی كه اولين وزير اطلاعات كابينه خاتمی بود همچنان معاون اول اين وزارت خانه بود( از زمان فلاحيان) و گفته می‌شود در قتل‌های فروهر و مختاری و پوينده او نقش مستقيم داشته است.

ديده بان حقوق بشر در پايان گزارش خود ضروری دانسته كه دولت ايران تحقيقاتی وسيع،‌بی‌طرفانه و مستقلی را در مورد عملكرد مصطفی پورمحمدی و غلامحسين محسنی اژه‌ای انجام داده و تا مشخص شدن نتيجه اين تحقيقات، دو وزير مورد اشاره از كابينه احمدی نژاد كنار گذاشته شوند.