مجمع روحانيون مبارز، بدنبال قطعيت يافتن استعفای مهدی كروبی از دبيركلی و خروج از اين مجمع در يك بحران فرو رفته است. دو دوره رياست مجلس (سوم و ششم) و نزديكی مهدی كروبی به آيت الله خمينی، پشتوانه معتبری برای مهدی كروبی در سمت دبيركلی مجمع روحانيون مبارز بود. تشكلی كه عمدتا بعنوان ياران و همفكران نزديك آيت الله خمينی از جامعه روحانيت مبارز كه مخلوطی از شاگردان مراجع ديگر با گرايش‌های اغلب ارتجاعی جدا شد و شخص آيت الله خمينی اين انشعاب را تائيد و حتی كمك مالی در اختيار آن‌ها قرار داد.

كروبی كه در مرحله اول انتخابات رياست جمهوری در صدر جدول قرار داشت، توسط ستاد پشت صحنه انتخابات، از جدول راه يافتگان به مرحله دوم انتخابات حذف شد. وی در اولين نامه صريح خود دراين ارتباط رسما اعلام كرد كه "مجتبی خامنه ای" فرزند ارشد رهبر و اصغرميرحجازی منشی مخصوص رهبر در تمام مراحل تدارك و اجرای انتخابات پادگانی رياست جمهوری دست دارند. او بدليل كوتاهی مجمع روحانيون در حمايت از وی از اين مجمع جدا شد و جنبه‌های تند انتقادی خود را نسبت به جبهه مشاركت و مجاهدين انقلاب كه بجای حمايت از وی، معين را كانديدا كرده بودند حفظ كرد. به همين دليل از هر دو تشكل جدا شد و فاصله گرفت و حزب جديد "اعتماد ملی" را بنيانگذاری كرد. كروبی وعده داده است كه يك شبكه ماهواره‌ای تلويزيونی راه خواهد انداخت كه مركز آن در خارج از كشور خواهد بود. قرار است اين تلويزيون را "بهروافخمی" فيلمساز و نماينده مجلس ششم اداره كند. افخمی از فيلمسازان دوران جنگ است.

با رفتن كروبی از مجمع روحانيون مبارز، اكنون مهم ترين دستور كار آن انتخاب دبيركل جديد است. با آنكه ارشد ترين و شاخص ترين چهره در اين جمع آيت الله موسوی خوئينی‌هاست، اما گفته می‌شود وی همچنان ترجيح می‌دهد در سايه حركت كند و به همين دليل امكان انتخاب محتشمی پور بجای كروبی زياد است. محتشمی در نجف از محارم آيت الله خمينی بود و پس از انقلاب سفير جمهوری اسلامی در سوريه شد. وی در يك انفجار تروريستی يك دست خود را در لبنان از دست داد. خوئينی‌ها نايب رئيس مجلس در زمان تصدی مجلس از سوی‌هاشمی رفسنجانی بود و آخرين مسئوليت وی در زمان حيات آيت الله خمينی دادستانی كل كشور بود. با آنكه سيد محمد خاتمی نيز از اعضای رهبری مجمع روحانيون است، بسيار بعيد بنظر می‌رسد كه وی اين مسئوليت دبيركلی مجمع را بپذيرد.