علی خامنه‌ای طی احکامی که معلوم نیست براساس چه ضوابطی و در مشورت با چه کسانی صادر شد، سرتیپ محمدرضا نقدی را به سمت رئیس سازمان بسیج و سردار محمد حسین زاده حجازی را به سمت معاون آماد و پشتیبانی و تحقیقات صنعتی ستاد کل نیروهای مسلح و سرتیپ حسین سلامی را به سمت جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران و سرتیپ امیر علی حاجی زاده را به سمت فرمانده نیروی هوافضای سپاه پاسداران منصوب کردند.

سردار نقدی از خانواده معاودان عراقی (ایرانی- عراقی هائی که در زمان صدام حسین و شاه به ایران عودت داده شدند) است که در چند واقعه نامش بر سر زبان ها افتاد. نخست دستگیری و شکنجه شهرداران نواحی تهران در ابتدای دولت خاتمی و همچنین طرح ترور عطاء الله مهاجرانی و حجت الاسلام عبدالله نوری در پایان یکی از نمازجمعه های تهران. در هردو محاکمه ای که در ارتباط با این وقایع برپا شد – از جمله محاکمه غلامحسین کرباسچی شهردار وقت تهران- این نقش سردار نقدی طرح شد. از جمله، فائزه هاشمی که خود شاهد حضور و هدایت عاملین ترور عبدالله نوری و مهاجرانی توسط سردار نقدی بود، در دادگاه بعنوان شاهد، مشاهدات خود را گفت و تاکید کرد که نقدی عینکی تیره به چشم زده و در حاشیه پیاده رو عاملین ترور عبدالله نوری را که با چاقو و قمه به وی حمله ور شده بودند هدایت و رهبری می کرد.

گروهی از فرماندهان سپاه که در زمان آیت الله خمینی بدلیل انحراف اخلاقی، سابقه جنائی و جنایت کنار گذاشته شده بودند و عبدالله نوری بعنوان نماینده آیت الله خمینی در سپاه در این کار نقش داشت، در زمان علی خامنه ای به کار بازگردانده شدند و بدنبال آن، عبدالله نوری از نمایندگی آیت الله خمینی از سپاه کنار گذاشته شد. پس از این محاکمات و وقایع، یکبار دیگر نیز نام سردار نقدی بر سر زبان ها افتاد که اینبار مربوط به ماجرا کشف یک خانه فساد و همچنین اختلاس های مالی بود.

حسین سلامی نیز جانشین مرتضی رضائی شد که 4 سال پیش در جریان تغییرات جدید در فرماندهی سپاه و ملحق شدن سردار ذوالقدر جانشین وقت فرمانده کل سپاه به دولت احمدی نژاد و قرار گرفتن در پست قائم مقامی وزارت کشور، جانشین وی شد. مرتضی رضائی سالها مسئول ضد اطلاعات سپاه بود و بسیاری از دستگیری ها و بازجوئی های زیر شکنجه که به ابتکار سپاه انجام شد، فرمانده اجرائی آن مرتضی رضائی بود.

دراین میان، حجت الاسلام طائب رئیس بسیج که متهم به انواع جنایات در جریان تقابل خونین با مردم معترض به کودتای انتخاباتی 22 خرداد بودند، از راس بسیج کنار گذاشته شد.