همزمان با جامعه روحانیت مبارز، مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم نیز بیانیه منتشر کردند. دراین بیانیه آمده است:

همانطور که حفظ نظام از اهم واجبات است، سالم سازی نظام نیز از اهم واجبات است و نظام (یعنی مدیریت صحیح جامعه از نظر اسلام و قرآن) هرگز بدون سالم سازی آن از طریق نظارت دائمی و همگانی مردمی از مجاری صحیح و بدون امر به معروف و نهی از منکر و نصیحت آگاهان و متدینان جامعه، باقی نخواهد ماند و خداوند وعده ابقاء هر نظام را نداده است.

پس از انتخابات متأسفانه اعمال بسیار زشت و ناپسند و خلاف شرع و حقوق مسلم مردم انجام گرفت که قطعا بوسیله مأمورین و موظفین نظام بوده است. مانند برخوردهای خشن و ناروا، دستگیریهای غیر قانونی و بازداشتهای غیر انسانی که امروزها پخش اخبار جنایات آنها از مجاری رسمی و غیر رسمی دل هر انسان با متعهد و مؤمن خدا جوی را به درد می آورد و جا دارد که آرزوی مرگ کند. محاکمه های صد در صد خلاف قانون و خلاف مسلم حقوق شهروندی و پخش های مکرر خلاف قانونی آنها در رسانه ملی و تهمت های ناروای خطیبان جمعه و غیر جمعه در تریبونهای رسمی و تحلیلهای غلط و بی مدرک سیاسی در مجامع رسمی و رسانه ملی تهمت های بسیار سنگین و اهانت های بی شرمانه در بعضی از مطبوعات حکومتی و دولتی که از بیت المال مسلمین اداره می شوند به ساحت مقدس مراجع بزرگ و علما و روحانیون انقلابی و شخصیت های سیاسی که عمرشان را در خدمت به اسلام و مسلمین در انقلاب اسلامی سپری نموده اند آن هم بخاطر حمایت از مردم و دفاع از حقوق مسلم آنان. مانند آیات عظام منتظری، صانعی و حضرات حجج اسلام آقای هاشمی رفسنجانی و یار دیرین و وفادار حضرت امام آقای کروبی و آقای خاتمی و مهندس میر حسین موسوی و از همه بی شرمانه تر تهمت و افترا زدن به انسانهای پاک انقلابی و خدمتگذار این مرز و بوم که در اسارت غیر قانونی نظام گرفتارند و حق دفاع و راه دفاع را ندارند مواجه هستیم. از طرفی بعضی از مسئولین نظامی صراحتا از جنایات انجام گرفته حمایت و با اتهام زنی به شخصیت های سیاسی و انقلابی و خدمتگزار پا را از نظامی گری فراتر گذارده و مانند رئیس یک حزب سیاسی خاص سخنرانی می کنند درحالیکه خلاف قانون و خلاف وصیت نامه امام امت می باشد.

 صحبتهای اخیر فرمانده کل سپاه هرگز با تصمیمهای دلسوزانه حضرت امام و قانون عدم مداخله نظامیان در مسائل سیاسی و نزاع های سیاسی کشور هم خوانی ندارد امیدواریم که هرچه سریعتر برای حفظ آن نهاد مقدس اعمال و گفتارهای خود را اصلاح نمایند.

مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم بر این باور است که:

1- حفظ نظام با لشکر کشی و دندان نشان دادن و دستگیریها و خشونتهای ناروا و غیر اسلامی و غیر انسانی حاصل نمی شود و پیشنهاد می کند که برای حفظ نظام در این ایام ماه مبارک رمضان و پیش از شبهای قدر هرچه سریعتر همه زندانیان سیاسی که غیر قانونی دستگیر شده اند، آزاد گردند و اگر اتهامی دارند در یک فضای آزاد و آرام با حضور وکیل قانونی و اختیاری در یک محکمه عادلانه و با حضور هیئت منصفه محاکمه شوند.

2- از همه آسیب دیدگان پس از انتخابات کاملا و علنا عذر خواهی شود و خسارات وارده جبران شود.

3- همه متخلفین اعم از مأمورین نظامی و قضائی و سیاسی به هر نحوی که انجام داده اند در یک دادگاه بی طرف و عادلانه و با حضور وکلایشان محاکمه و طبق قانون و شرع مجازات شوند.

4- جلوی همه تهمتهای ناروا به همه شخصیتهای علمی و سیاسی و روحانی گرفته شود و متخلفین مجازات شوند.