مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم در اعتراض به دادگاه کودتا و مقابله با برگزاری مراسم چهلم نخستین قربانیان کودتای انتخاباتی بیانیه‌ای صادر کرد. در این بیانیه با آنکه نام علی خامنه ای برده نشده، اما مضمون او خطاب به وی است. دراین بیانیه آمده است:

در شرایطی که جامعه ایران در وضعیتی  بحرانی به سر برده ، نیاز به تدابیری هوشیارانه داشته تا  به جبران آثار ناگوار ناشی از عدم اقناع مردم معترض، بازداشت خارج از موازین قانونی فرزندان این مرز و بوم، کشته شدن عده ای در اعتراض های مردمی و عده ای دیگر در بازداشت گاه ها، حمله به کوی دانشگاه ،و ... بر آید، این نشد که مع الاسف سوگواری در چهلمین روز جانباختگان حوادث اخیر که سنت اسلامی و ملی ایران می باشد باز هم اجازه ندادند مردم به راحتی عزاداری کنند و با خشونت این مراسم را به هم زدند و عده ای را بازداشت کردند. از جمله این بازداشت شدگان محقق دانشمند و نویسنده توانا و استاد حوزه و دانشگاه، جناب حجت الاسلام و المسلمین دکتر عبد الرحیم سلیمانی بود که وی را با وضع اهانت آمیز دستگیر کرده و به مکان نامعلومی برده و تا کنون هیچ اطلاعی از سرنوشت ایشان به خانواده داده نشده است.

از سوی دیگر دادگاهی نمایشی را در روز شنبه 10/5/88 شاهد بودیم که نشان می داد،  بنایی جهت آرام کردن جامعه و گذاردن مرهمی بر زخم های مردم وجود ندارد.

مردم انتظار داشتند که پس از اعتراف به تندروی برخی ماموران در تعدی به اموال آنان،  دستور به تعطیلی بازداشتگاه کهریزک که شکنجه و آزار به زندانیان در دستور کار بود و آگاهی از  وضعیت کسانی که در زیر شکنجه ها جان دادند، اقدام مؤثری برای شناسایی و محاکمه متخلفان آشکار و آمران آن صورت گیرد؛ اما با کمال تعجب دادگاهی خارج از موازین قانونی و شرعی شکل  گرفت. متن کیفرخواست به یک بیانیه سیاسی و سرمقاله برخی روزنامه های تندرو شبیه بود. اتهام انقلاب مخملی مانند وصله ای نامناسب به کسانی زده شد که با آرمان های انقلاب شکوهمند اسلامی زندگی کرده، برای احیای مجدد آن و بازگشت به مسیر اصلی  میراث امام راحل از طریق انتخابات و روش های قانونی اقدام کرده اند . حرکتی گسترده و مردمی را بدون هیچ دلیل موجهی منتسب به خارج نموده، به رشد و درک بالای سیاسی مردمی که در اعتراضات میلیونی شرکت نمودند توهین کردند، تا شاید از دل این اتهامات توجیهی برای تخلفات بی شمار خود بیابند .

در این کیفرخواست به شخصیتی که در واقع یکی از بنیانگذاران و مؤثر و معتبر این نظام (رفسنجانی) است و خدمات فراوانی به انقلاب و  نظام نمودند، اهانت شد، گویی یکی از اهداف این به اصطلاح دادگاه ، ترور سیاسی این خادمان ملت بود .

مجمع مدرسین و محققین حوزه علمیه قم این حرکات را محکوم کرده و این تذکر را از سر خیرخواهانه لازم می داند که مسئولان امر از اشتباهات مکرر خود دست برداشته، به نام دین، و انقلاب، بیش از این نظام را لکه دار نکرده، چهره انقلاب اسلامی را در نزد جهانیان مشوه جلوه ندهند .